Narodil se 2. ledna 1951 v Praze. Otec RNDr. Otto Fischer se zabýval matematicko-statistickými aplikacemi v biologii v Matematickém ústavu Československé akademie věd a maminka Věra byla rovněž statističkou.
V roce 1974 Jan Fischer absolvoval Národohospodářskou fakultu pražské VŠE, konkrétně obor statistika a ekonometrie. První pracovní uplatnění našel v tehdejším Výzkumném ústavu sociálně ekonomických informací, který byl součástí Federálního statistického úřadu. V letech 1982 až 1985 pak působil jako odborný referent ve Federálním statistickém úřadu. Poté se stal ředitelem odboru a v této funkci působil až do roku 1990.

V letech 1980-1989 byl členem KSČ.
V roce 1990 byl jmenován místopředsedou FSÚ a po zániku federace o dva roky později zastával stejnou funkci v Českém statistickém úřadu. Stál v čele týmu, který byl odpovědný za přípravu a zpracování výsledků prvních polistopadových svobodných voleb. V této práci pokračoval v případě všech voleb do zastupitelských sborů, které následovaly v dalších letech. Do jeho působnosti vedle voleb patřila i většina ekonomických statistik produkovaných Českým statistickým úřadem a měl na starosti i harmonizaci tuzemské statistiky s pravidly a praxí Evropské unie ve spolupráci s evropskými institucemi, zejména pak se statistickým úřadem EU Eurostatem.

V roce 2000 byl z funkce 1. místopředsedy odvolán a posléze přijal nabídku pracovat jako šéf oddělení produkce společnosti Taylor Nelson Sofres Factum. V roce 2001 jej Mezinárodní měnový fond vyslal do Východního Timoru, aby v rámci mise OSN pomohl položit základy moderní a nezávislé statistické služby. V březnu 2002 se přesunul do akademického prostředí, které mu bylo vždy velmi blízké, a stal se vedoucím výzkumných pracovišť Fakulty informatiky a statistiky VŠE.
V roce 2003 byl Jan Fischer jmenován předsedou Českého statistického úřadu, a tak se po třech letech vrátil na své dřívější působiště.
Po pádu koaliční vlády na jaře roku 2009 jej Mirek Topolánek na základě politických dohod oslovil s nabídkou na post předsedy tzv. překlenovací vlády nestranických odborníků, kterou přijal. Vládu v čele s Janem Fischerem jmenoval prezident republiky 8. května 2009.

K nejdůležitějším úkolům úřednické vlády patřilo především úspěšné dokončení předsednictví EU, příprava státního rozpočtu na rok 2010 a bezchybný chod státní správy do předčasných voleb předpokládaných na podzim 2009. Ty, jak známo, odmítl Ústavní soud a mandát kabinetu skončil až po volbách v řádném termínu na konci května následujícího roku.
Všech těchto úkolů se úřednický kabinet Jana Fischera zhostil se ctí a povedlo se důstojně a profesionálně dokončit předsednictví Evropské unii včetně dokončení ratifikace Lisabonské smlouvy.

„České předsednictví končí dobře. Pan Fischer odvedl velmi dobrou práci, je to člověk, který dělá klidnou, inteligentní a rozumnou práci,“ ocenil výkon Jana Fischera francouzský prezident Nicolas Sarkozy bezprostředně po zasedání Evropské rady 19. června 2009 v Bruselu.

V době celosvětové hospodářské krize, kdy hrozil rekordní schodek státního rozpočtu ve výši 230 miliard Kč, Fischerova vláda prosadila úsporný rozpočet, díky němuž ušetřila téměř 70 miliard korun. Zlepšilo se i čerpání evropských peněz, což byla jedna z jeho premiérských priorit. Přijala také několik protikorupčních opatření. A v neposlední řadě se povedlo efektivně zasáhnout proti narůstajícímu extremismu.

Fischerova vláda také připravila základní rámec státního rozpočtu na rok 2011 a spolu s ním i řadu dalších expertních materiálů, o nichž měla rozhodnout již politická vláda vzešlá z voleb v květnu 2010. Patřily mezi ně např. aktualizace energetické koncepce státu, závěry obnovené tzv. Bezděkovy komise ve věci penzijní reformy, strategie financování dopravní infrastruktury a řada dalších resortních materiálů a předloh zákonů.
Na základě úspěchu v mezinárodním výběrovém řízení se v září 2010 stal Jan Fischer viceprezidentem Evropské banky pro obnovu a rozvoj v Londýně, kde má na starosti zejména zahraniční a environmentální aktivity. V současné době čerpá v EBRD neplacené volno a po oficiální registraci kandidátem na post viceprezidenta rezignuje.

Ovládá angličtinu a ruštinu, domluví se také německy a francouzsky.

Je členem kupř. České statistické společnosti, Mezinárodního statistického institutu, Vědecké rady a Správní rady Vysoké školy ekonomické v Praze a členem Vědecké rady Univerzity Jana Evangelisty Purkyně v Ústí nad Labem. Z členství v těchto institucích a radách mu neplyne žádný příjem.

Z prvního dvanáctiletého manželství má syna Jakuba, který působí jako prorektor VŠE pro strategii, a dceru Kateřinu, která pracuje jako poradkyně v oblasti sportu. Z druhého manželství pak syna Jana, který nyní studuje na Univerzitě St. Andrews ve Skotsku. Manželka Dana, která pracovala rovněž ve statistickém úřadu, je v invalidním důchodu. Jejich manželství trvá 24 let.

Společně vlastní byt na barrandovském sídlišti a chalupu v Posázaví.